Hồ Ohrid và hồ Prespa thuộc về một nhóm lòng chảo Dessaret, bắt nguồn từ một đợt đất trũng xuống địa kiến tạo vào thế Pliocen khoảng 5 triệu năm trước[11][12] ở phía tây Dinarides. Trên thế giới, chỉ có số ít hồ cổ như vậy, trong đó hồ Baikal và hồ Tanganyika là nổi tiếng nhất. Đa số hồ khác chỉ tồn tại không quá 100.000 năm do bị trầm tích phủ đầy. Ở trường hợp hồ Ohrid, có lẽ chiều sâu đáng kể và lượng trầm tích ít ỏi chảy vào đã giúp hồ tồn tại.